台風６号の接近に伴い、気象庁は３日午前５時３５分、和歌山県南部の古座川に「レベル５氾濫特別警報」を発表した。５段階の警戒レベルで最も危険度が高く、５月末に新しい防災気象情報の運用が始まって以降初めて。流域の古座川町と串本町では氾濫による浸水が想定されるため、同庁は命を守る行動を住民に呼びかけている。
台風は同日午前４時半頃に同県南部に上陸。午前２時１０分には、短時間に大雨をもたらす「線状降水帯」の発生も発表された。
同日朝に記者会見を開いた同庁の細見卓也・予報課長は「最新の気象状況を確認し、今から避難場所に向かうことが危険な場合、住宅の上階や近くの高い建物へ移動し、安全を確保してほしい」と呼びかけた。
同庁によると、近畿から東海、関東甲信地方でも３日午後にかけて警報級の大雨が予想され、河川の氾濫や土砂災害への警戒を呼びかけている。