羽田空港での事故を受け、国土交通省と海上保安庁、日本航空は２日夜、東京・霞が関の同省で記者会見を開いた。海上保安庁の瀬口良夫次長は、事故の発生と、海保機に搭乗していた乗員男性６人のうち５人の死亡が確認されたことについて、「深くおわびを申し上げる。かけがえのない職員の命を失ったことは痛恨の極み」と述べ、頭を下げた。
午後９時１５分頃から始まった国交省と海保の合同会見では、報道陣から事故機と管制とのやりとりなどについての質問が相次いだが、同省の平岡成哲航空局長は「確認中」と繰り返した。日本航空機の乗客らの避難誘導については、「火災が生じるまでの時間が短い中で、脱出できたのは適切に指示が行われたと思っている」とした。
一方、日本航空の青木紀将・総務本部長は、同機について「着陸許可が出ていたと認識している」と説明。堤正行・安全推進本部長は乗員から聞き取った結果として「通常通り進入し、着陸動作を開始したところ事故が起きたと確認した」とした。フライト前に機体の異常を示す報告はなかったという。
海保機は石川県で発生した地震の支援活動で食料や水を運ぶところだったという。ある海保関係者は、「これまでにない事故が起きてしまった。地震の救援活動に影響を出してはならないのだが……」と言葉少なに語った。
岸田首相は首相官邸で記者団に対し、「被災者のために高い使命感、責任感を持って職に当たっていた職員で大変残念だ」と述べ、支援物資輸送について「影響が生じないように全力で対応していく」と強調。斉藤国土交通相も記者団に「運輸安全委員会や警察で調査が進められる。国交省も事故究明、再発防止に全力を挙げたい」と語った。小池百合子・東京都知事は２日夜、都庁で取材に応じ、「災害が次の災害を呼んでしまうことは残念だ」と語った。