『VIVANT』（TBS系）で話題になった「別班」は、非公然組織ながら「自衛隊に別班は実在する」と報じられてきた。1978年、日本で初めて別班の組織図や構成員の実名を記した『影の軍隊「日本の黒幕」自衛隊秘密グループの巻』（『赤旗』）が発刊され、物議を呼んだ経緯がある。
また、2008年には、陸幕第二部長（情報部長）を務めた塚本勝一氏が『自衛隊の情報戦 陸幕第二部長の回想』（草思社）のなかで、陸自の調査学校で情報分野に興味を示した10数名の要員が、情報収集活動を行なうために陸幕二部の統率下にある部隊に臨時として派遣勤務させられたことなどを記している。
存在が公に認められていない「別班」を除くと、日本の情報機関は大きく分けて5つある。
内閣官房内にある「内閣情報調査室」、法務省の外局である「公安調査庁」、警察庁警備局が統括する「公安・外事警察」、防衛省・自衛隊の「情報本部」、外務省の「国際情報統括官組織」だ。
それら情報機関の位置付けや役割はどうなっているのか。『日本インテリジェンス史』（中公新書）などの著書がある小谷賢・日本大学教授が言う。
「各省庁が行なう情報活動の手法には、公開情報を調査・分析する『オシント』、電波情報の収集を行なう『シギント』、人との接触により情報を得る『ヒューミント』がある。そのヒューミントを得意とするのが、約1600人を擁する公安調査庁（公調）です。
法務省の外局ですが、警察のような逮捕権は与えられていません。元々は日本国内で共産党を監視する目的で作られた組織で、その後は地下鉄サリン事件（1995年）などを起こしたオウム真理教などを監視対象としている。国家国民の安全を脅かす組織・団体を調査する役割です」
東京五輪で各国工作員を監視
公調は旧オウム真理教の監視・規制のほか、国内の過激派などを調査対象とする「調査第一部」、海外テロ組織に加え、ロシアや北朝鮮、中国などの大使館を含めた海外情報を収集・監視する「調査第二部」がある。
冷戦時代は、この調査第二部が中ソをはじめとする共産圏のスパイ監視などに力を発揮した。
「1964年の東京五輪では、200人以上の人員を割いて共産圏から入国する各国選手団や役員のリストを精査し、100人以上の工作員を抽出。羽田空港に到着した時点から張り付いて監視したそうです。
工作員とされた選手の一部は競技に参加せず、それまでノーマークだった政治家や弁護士に接触するケースが確認された。