梅雨前線の影響で２５日、秋田県や山形県を中心に記録的な大雨となり、秋田県では土砂崩れで１人が行方不明となった。気象庁は午後１時５分、災害発生の危険度が極めて高いと判断し、山形県酒田市と遊佐町に大雨特別警報を発表。夜にも同市を含む６市町村に、同警報を発表した。同県の庄内、最上、村山地方では短時間に大雨をもたらす線状降水帯が発生し、２６日未明も警戒が続いた。
同庁によると、２５日の２４時間降水量の最大値（午後６時時点）は酒田市で３２７ミリ、秋田県由利本荘市で２３８・５ミリ。大雨特別警報は、２０２３年８月に鳥取県に出されて以来。
秋田県では２５日朝、湯沢市で土砂崩れが発生し、６０歳代の道路工事をしていた男性作業員１人が行方不明となった。由利本荘市では、２５日未明に石沢川の堤防が決壊、８６世帯に避難情報のうち最も危険度の高い緊急安全確保が出された。午後には同市の子吉川でも氾濫が発生、１１６５世帯に緊急安全確保が発令された。
山形県酒田市でも荒瀬川が氾濫、市は付近住民らに緊急安全確保を出した。県は同市を含む１４市町村への災害救助法の適用を決め、陸上自衛隊に災害派遣を要請した。
避難所に妻と避難した酒田市の伊藤一哉さん（９１）は「川の水があふれ、家に水が入ってきた。これからどうなるのか……」と心配そうに話した。
政府は２５日、首相官邸の危機管理センターに官邸連絡室を設置。岸田首相は記者団に、「安全第一での行動をお願いしたい」と呼びかけた。